Arrêt maladie en intérim : Qui paie et quelles sont les démarches ?

Arrêt maladie en intérim soulève souvent de nombreuses interrogations, notamment concernant la rémunération et les obligations liées à cette situation. Les salariés en mission d’intérim disposent pourtant de garanties solides, équivalentes à celles des salariés en CDI ou CDD. Comprendre qui prend en charge le salaire, comment effectuer les démarches administratives et connaître l’impact sur le contrat d’intérim sont essentiels pour gérer sereinement un congé maladie. Ce guide décrypte les mécanismes d’indemnisation et détaille les étapes à suivre, en s’appuyant sur les règles en vigueur en 2026.

En bref :

• L’intérimaire doit prévenir son employeur (agence d’intérim) et l’entreprise utilisatrice dans les 48 heures après un arrêt maladie.
• Les indemnités journalières de la Sécurité sociale compensent la perte de salaire à partir du 4e jour d’arrêt, après un délai de carence de 3 jours.
• Un régime complémentaire via la prévoyance des intérimaires peut garantir jusqu’à 100 % du salaire net, sous conditions d’ancienneté et de durée de mission.
• L’arrêt maladie suspend le contrat d’intérim sans le rompre : la mission peut reprendre après guérison ou se terminer normalement si la date prévue est atteinte pendant l’arrêt.
• En cas de non-respect des délais pour l’envoi des volets d’arrêt, l’indemnisation peut être réduite ou suspendue par les caisses de sécurité sociale.

Démarches essentielles pour déclarer un arrêt maladie en intérim

Lorsqu’un salarié intérimaire est confronté à un problème de santé nécessitant un arrêt, la réaction doit être rapide et méthodique. Tout commence avec la consultation médicale qui permet d’obtenir un certificat officiel. Ce document, le formulaire Cerfa appelé « Avis d’arrêt de travail », se compose de trois volets. Il est crucial de respecter la règle des 48 heures pour envoyer ces volets aux bons destinataires. Le volet 3 doit être adressé à l’agence d’intérim, votre employeur légal, idéalement par lettre recommandée avec accusé de réception. Les volets 1 et 2 doivent parvenir à la Caisse Primaire d’Assurance Maladie (CPAM) pour déclencher la procédure d’indemnisation.

Parallèlement, l’entreprise où la mission est effectuée doit être informée le plus tôt possible, souvent le jour même de l’arrêt, afin de s’ajuster à votre absence. Ces étapes sont indispensables pour garantir la prise en charge du congé maladie sans interruptions de paiement.

Respecter les délais pour éviter les complications

Le non-respect des délais d’envoi de l’arrêt de travail peut entraîner des conséquences financières lourdes. En effet, les caisses de sécurité sociale appliquent rigoureusement la règle des 48 heures et peuvent diminuer, voire suspendre, les indemnités journalières en cas de retard. C’est pourquoi la transmission des volets doit être bien anticipée et prouvée pour chaque interlocuteur. Une bonne communication avec l’agence d’intérim simplifie ces démarches et permet aussi d’obtenir l’attestation de salaire nécessaire à la CPAM.

Indemnisation : qui paie pendant un arrêt maladie en intérim ?

Quand un intérimaire est en arrêt maladie, le versement du salaire s’interrompt, remplacé par une indemnisation. Le schéma classique d’indemnisation repose sur deux acteurs principaux :

• La Sécurité sociale via les indemnités journalières (IJ). Ces dernières couvrent une partie de la perte de revenu après un délai de carence de 3 jours. Pour en bénéficier, il faut remplir certaines conditions administratives : soit justifier d’au moins 150 heures travaillées au cours des 3 derniers mois, soit avoir cotisé sur un salaire supérieur à 1 015 fois le SMIC horaire au cours des 6 derniers mois.
• Le régime complémentaire de prévoyance, souvent géré par Intérimaires Santé ou le FASTT, qui verse un complément d’indemnisation. Pour y prétendre, il est généralement nécessaire d’avoir travaillé 414 heures au minimum sur les 12 derniers mois. Ce complément permet de couvrir tout ou partie de la différence entre les IJ et le salaire net habituel.

Ce double système assure une protection financière relative au temps d’arrêt, avec la possibilité de percevoir jusqu’à 100 % du salaire net, selon l’ancienneté et la durée de l’arrêt.

Calcul des indemnités journalières et impact du délai de carence

Le calcul des indemnités journalières de la Sécurité sociale repose sur la moyenne des salaires bruts perçus sur les 3 ou 12 derniers mois précédant l’arrêt. Par exemple, un total de salaires bruts annuels de 15 000 € correspond à un salaire journalier de base autour de 41,10 €, soit une indemnité journalière d’environ 20,55 €. Ce montant est plafonné et ne peut dépasser le plafond fixé à 1,4 SMIC.

Il est important de noter que les trois premiers jours de congé maladie constituent un délai de carence, période non indemnisée par la Sécurité sociale. Les indemnités commencent donc à être versées dès le 4e jour d’arrêt, selon un rythme habituel de versement toutes les deux semaines. Cette règle est valable quelle que soit la situation de l’intérimaire.

L’impact de l’arrêt maladie sur le contrat d’intérim et les indemnités de fin de mission

Le contrat d’intérim n’est pas rompu durant un arrêt maladie : il est suspendu. Le salarié reste lié à l’agence d’intérim même s’il ne peut pas exercer sa mission.

Deux cas de figure se présentent :

1. Si l’arrêt se conclut avant la date initiale de fin de mission, le salarié peut réintégrer son poste et terminer sa mission comme prévu.
2. Si la date de fin de mission arrive pendant l’arrêt, la mission s’achève formellement ; l’intérimaire ne reprend pas le travail mais continue de percevoir les indemnités journalières autant que l’arrêt est justifié.

Il est important de souligner que la période d’arrêt ne compte pas dans le calcul des indemnités de fin de mission (IFM) ni des indemnités compensatrices de congés payés (ICCP). Ces éléments sont évalués uniquement selon les heures effectivement travaillées.

Liste récapitulative des obligations de l’intérimaire en arrêt maladie

• Consulter un médecin et obtenir un certificat d’arrêt travail officiel.
• Informer dans les 48 heures l’agence d’intérim et l’entreprise utilisatrice de l’arrêt.
• Envoyer les volets 1 et 2 à la CPAM, et le volet 3 à l’agence par courrier recommandé ou remise en main propre avec preuve.
• Respecter le délai d’envoi pour éviter toute réduction des indemnités.
• Conserver tous les documents justificatifs, bulletins de paie et attestations.
• Notifier France Travail si l’arrêt survient hors mission et que l’intérimaire est demandeur d’emploi.

Tableau récapitulatif des rôles et responsabilités dans la prise en charge d’un arrêt maladie en intérim